A Escola Secundária de Lagoa, localizada no concelho de Lagoa, S. Miguel, Açores, foi criada a 27 de Fevereiro de 2001 pelo Decreto Regulamentar Regional n.º 2/2001/A, e foi oficialmente inaugurada no dia 20 de Novembro de 2001. Sendo a primeira escola da Região criada de raiz para servir exclusivamente o Ensino Secundário dos concelhos de Lagoa e de Vila Franca do Campo, só o fez durante os dois primeiros anos de funcionamento, 2001/2002 e 2002/2003.

Em 2003/2004 passou também a incorporar o Terceiro Ciclo do Ensino Básico, de todo o concelho de Lagoa, em resultado da reestruturação da Carta Escolar, efetuada pela tutela. A partir de 2004/2005, deixou progressivamente de receber alunos de Vila Franca do Campo devido à abertura do Ensino Secundário na Escola Básica e Secundária de Vila Franca do Campo.

Em 20012/2013, com a abertura da Escola Básica Integrada de Água de Pau, a Escola Secundária de Lagoa deixa progressivamente de receber alunos do 3º ciclo residentes nas freguesias de Ribeira Chã e de Água de Pau.